在2016年9月5日之前，第三方支付機構的收費標準是比較亂的，當時商戶按行業進行分類，不同的行業收費標準不一樣，比如餐飲類，娛樂類手續費最高，達到交易金額的1.25%，百貨類收費標準為0.78%，超市加油站等民生類手續費為0.38%，而醫院、教育等公共收費類的則是是零費率。
所以2016年9月之前的收費是非常混亂的，而為了規范市場的收費行為，2016年央行和發改委發布了《關于完善銀行卡刷卡手續費定價機制的通知》，通知對銀行卡收單業務的收費模式和定價水平進行了重要調整，并于2016年9月6日正式實施，這就是支付行業俗稱的96費改。
而支付寶則是從2016年5月開始把商家的服務費從0.6降低到了0.55%，這個費率要比市場標準類的收費低很多。當時支付寶公告的時候，這個優惠執行時間截止日期是2018年12月31日，也就是說0.55%的費率，實際上到2018年12月31日就到期了，但支付寶考慮到商家以及用戶的體驗之后，對0.55%的收費標準延期了一個月，到2019年2月1日開始正式恢復0.6%的收費標準。
而支付寶之所以恢復這個收費標準跟央行要求第三方支付機構百分之百上交備付金有很大的關系，因為之前支付寶執行0.55%的費率基本上是不賺錢的，挺多能維持平臺的運營成本。
當然過去支付寶基本上也不依靠這個費率來存活，主要靠的是備付金的沉資金，過去備付金每年給支付寶的創造收益至少在幾十億以上，所以哪怕執行的是0.55%的費率，支付寶仍然可以承擔得起。但是從2019年1月14日之后，支付寶的備付金必須百分之百上交到央行，這意味著支付寶就要喪失備付金帶來的收益，這對于支付寶的運營成本以及盈利收益肯定會產生很大的影響，所以支付肯定要把調回0.6%，要不然就虧大了。
通過對比，我們可以發現，哪怕2019年2月之后，支付寶的收費標準調回0.6%，但跟其他商家0.65%以上的收費標準相比，還是有一定的優勢的。