1、 參保的人群不同。沒有固定工作單位的個人，可以以靈活就業人員的身份自行繳納靈活就業人員醫保，而城鄉居民醫保的參保人員是沒有參加職工醫保的人員，除了靈活就業人員以外，老人小孩等也可以參加。

2、 繳費的方式不同。靈活就業人員醫保每月都需要繳納醫保費用，一旦出現斷繳，會影響醫療保險待遇。城鄉居民醫保采用的是一年一繳費，交一年費用，獲得一年的醫療保障，錯過了集中繳費時間可能無法補繳。

3、 報銷比例不同。靈活就業人員繳納的職工醫保報銷比例高，而城鄉居民醫保的報銷比例相對較低。

4、 醫保賬戶不同。靈活就業人員繳納的職工醫保通常會建立醫保個人賬戶，每月有部分金額返還到醫保個人賬戶中，這部分金額可以在定點藥店購買藥品，也可以在定點醫院看病消費，各地具體使用方法要求可能不同。而城鄉居民醫保沒有醫保個人賬戶。

5、退休時醫保待遇不同。靈活就業人員退休時只要醫保繳費年限（含視同繳費年）男滿25年、女滿20年的，從批準退休的次月起無需再繳納醫保費用并享受職工醫保待遇，而參保城鄉居民醫保則需按年度繳費后才能享受當年城鄉居民醫保待遇。

總的來說，靈活就業人員醫保和城鄉居民醫保各有利弊，大家根據自身情況選擇即可。