溯源觀點：兩者都安全，從投資的角度，國債更好。
結構性存款是啥？
根據《存款統計分類及編碼標準》的通知，結構性存款指金融機構吸收的嵌入金融衍生工具的存款，通過與利率、匯率、指數等的波動掛鉤或與某實體的信用情況掛鉤，使存款人在承擔一定風險的基礎上獲得更高收益的業務產品。
2018年7月20日央行發布了《商業銀行理財業務監督管理辦法(征求意見稿)》其中第七十八條明確規定：
結構性存款應當納入商業銀行表內核算，按照存款管理，納入存款準備金和存款保險保費的繳納范圍，相關資產應當按照國務院銀行業監督管理機構的相關規定計提資本和撥備。
很明顯，結構性存款屬于一般性銀行存款，受存款保險制度保護，本金安全。
結構性存款的特點
從概念可知結構性存款收益分為兩部分，一部分是基礎保底收益，一般較低，低于同期限的定期存款，另一部分來自于與之掛鉤金融衍生品的走勢情況，帶有一定的博弈性質。當達到合同設定的條件時，可以獲得超額的收益，而當目無法達到時，只能獲得基礎收益。
舉個例子：你存一筆錢，打比方100萬，到期的時候有可能拿到8%，有可能拿到3%，有可能是0。如果達到8%的收益是怎么達到的？需要和一個標地物掛鉤，比如人民幣或者黃金、白銀的價格，甚至股票都可以。比如黃金，如果到期的時候，到期價格在2000美元之上，你就可以獲得8%，如果沒有，那么你可能就獲得3%，如果低于1200美元，你可能就0收益，到最后就保本，處于1200到2000之間，你就能獲得3%收益保底收益。
簡言之：結構性存款就是基礎收益+一份期權。
國債
國債是以你國家信用背書的，財政部發行的國家公債，安全性完全不用考慮，是所有理財金融工具中安全等級最高的。
我們普通投資能參與的國債基本上都是儲蓄式電子國債。具有以下特征：
（1）信用等級高。以國家信用為保證，信用等級高于其他債券或銀行理財產品。
（2）投資起點低，100元起即可認購。
（3）收益早鎖定。固定期限、固定利率，票面利率即實際收益，不懼市場波動。
（4）每年必付息。持有期內，每年的10月10日利息到賬，繼續買買買。
（5）變現能力強。發行期結束后即可按需提前兌取（付息日和還本日前7個法定工作日除外）
目前收益看，以2019年最后兩期（第13期和14期為例）收益分別為4%和4.27%，和銀行的中長期存款不相上下，甚至優于銀行中長期定存。
綜述：兩者都是安全的，結構性存款受存款保險制度保護，而國債是國家信用背書。如果投資的角度看，國債更適合！