不會賠償。因為余額寶對接的是貨幣基金，而“一元投保”（一般為2元，微信等直接免費）僅是賬戶安全險，屬于財產險，主要承保范圍為賬戶資金被盜取，不承保投資風險。
假設余額寶對接的貨幣基金（多只）虧損進行賠付，那么在支付寶里購買其他基金虧損就能得到賠付了，因為其性質是一樣的，支付寶在其中都僅是銷售方，不參與基金的管理和運營。顯而易見，其他基金虧損不能得到賠付，比如股票基金隨時都可能虧損，那么同理，貨幣基金也不能賠付。
很多人以為余額寶是支付寶產品（支付寶參與管理和運營），其實不是的，它跟支付寶中螞蟻財富銷售的其他基金一樣，僅是銷售方，賺取銷售服務費，并不參與基金的管理和運營，僅是把余額寶放在不同的地方銷售罷了，用戶實際收益率還是來自于貨幣基金本身。
而支付寶賬戶安全險僅是財產險，提供賬戶安全保障，并不參與提供投資收益保障。投資收益保障也不是保險的保障范疇，保險公司一般不提供投資收益保障。
即支付寶賬戶安全險只有在資金被盜取的時候能得到賠付，具體的賠付范圍（怎樣被盜取）可參考相關條款，并不是錢不見了就能賠付，萬一監守自盜呢！
但是呢，余額寶對接的是貨幣基金，而貨幣基金是不可能長期虧損的，畢竟其投資標的為短期貨幣工具，主要為國債、央行票據和同業存款等，其本身的信用風險極低，流動性強。要說虧損，至多只是單日虧損，比如人們大額集體贖回，那么就可能因流動性不足變賣資產，導致短時間收益為負（虧損）。比如在2006年就有兩只貨幣基金出現此種情況，但第二天收益便恢復正值。
如果擔心貨幣基金虧損，那么更要擔心智能存款（創新型現金管理類產品）和結構性存款因流動性導致的虧損。